电影自西元20XX年，人类从肯 亚图尔卡纳湖的湖 畔挖出了一个名叫索哈尔(Zoh ar)的物体之后，便开始对 它进行研究，后来有人重建出 来所谓的“神之语言”，并 建立电脑程式以启动原始索 哈尔，进行和上 位领域的U-DO(上位领域当 中的红色波动存在)连结的连 结实验，但很不幸地，从上位领 域流入下位领域的能量造成了 事象变移，使地 球(游戏中所谓的“失落耶路撒 冷”)几乎完从从宇宙中“消失 ”，人类因而被迫逃亡，离开 地球。 到了四千年多后，在 故事开始前十五的T .C.4753年，米 尔奇亚行星(Mi ltia)爆发了所谓的米尔 奇亚冲突事件，在此次事 件当中，米尔奇亚 行星的人类疑似遭到了格 诺西斯(Gnosis)的 攻击，并在冲突事件后消失， 但事件的真相却因为米尔 奇亚的消失而不为人知。在事件后 ，启动原始索哈 尔（后来人类制造出了十二 具索哈尔模拟体，因此原有的 索哈尔就被称之为原始索哈尔）所 需的神之语言、原始 索哈尔的研究成果、米 尔奇亚的U.M.N.座标等事物 ，都被封存在Y 资料当中，而Y资料又 被封存在百式观测用合成人(R elian)M.O.M.O.的 意识内，然而这么做却引起了各方 势力对M.O.M. O.的争夺，因此星团联邦政府 (游戏中统治各行星的政府，英 文名Galaxy Fed eration)雇了一个名 叫Ziggur at 8的生化人(Cybo rg)，以保护 M.O.M.O.的安全。 另一 方面，在米尔奇亚 冲突事件结束后 的十几年，也就是大约 在游戏EPI开始的 时候，当时最大的企业贝克达公 司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进 行对格诺西斯用战斗兵器K OS-MOS的开发计 划，但和当时多使用合成人 (Relian)与生化 人(Cyborg)的 情况所不同的是， KOS-MOS是 个纯粹的机械制品。另一方 面，在EPI开始 时，参与KOS- MOS开发计划的贝克 达公司第一开发局研究人员卯月紫 苑，正乘着当时载有还没 正式启动的KOS-MOS的W oglinde号 太空船进行旅途。但没想 到其太空船却被冲著索哈尔而来 的格诺西斯所攻击， 而KOS-MOS也在此 时突然启动，卯月 紫苑因而被卷入一连串 和格诺西斯及索哈尔 有关的阴谋，以及会改变人类命 运的事件当中…… ！